张家港保税区于1992年10月16日经国务院批准设立，是我国唯一的内河港型保税区和唯一的位于县级口岸的保税区，规划面积4.1平方公里，主要功能为出口加工、保税仓储、国际贸易和商品展示。2001年5月，经江苏省人民政府批准，设立了江苏扬子江国际化学工业园，作为保税区的配套加工区，规划面积24平方公里，享受保税区的有关优惠政策。
2004年8月16日，张家港保税物流园区经国务院批准设立，是张家港保税区的配套物流区，享受保税区和出口加工区的相关政策。
2008年，张家港保税区和保税物流园区经国务院批准进行了区域整合，成功申报了保税港区，规划面积4.1平方公里。同年，保税区与金港镇实施管理体制调整，区镇按照“统一规划建设、统一经济发展、统一组织人事、统一审批权限、统一财政结算、统一公共事务”等“六个统一”的原则进行区镇合一。
至此，保税区的规划管辖范围从1992年的4.1平方公里拓展到目前大金港片区147平方公里，初步形成了由保税港区、扬子江化工园、环保新材料产业园、资源再生示范园、重型装备工业园、滨江新城、双山香山旅游区等组成的多元化载体发展格局。