鄂尔多斯综合保税区位于鄂尔多斯空港物流园区，于2017年2月14日经国务院批复同意设立。该保税区规划面积1.21平方公里，总投资3.63亿元，一期建设0.79平方公里，分为五大片区：保税加工产业区、保税展示区、保税物流仓储区、口岸作业区和保税服务区。
鄂尔多斯综合保税区是呼包鄂榆城市群第一家综合保税区，享受执行国家现行综合保税区相关税收和外汇管理政策。它与鄂尔多斯国际机场、航空口岸及正在建设的内陆港，构成了鄂尔多斯乃至内蒙古对外开放的重要平台和前沿阵地，对于鄂尔多斯市扩大对外开放，推进外向型经济发展，实现资源型地区实体经济振兴、转型升级和可持续发展具有重要的战略意义。